1618–1623: česko-falcká válka. Oficiálním začátkem třicetileté války bylo zahájení stavovského povstání v Čechách, po jehož porážce v roce 1620 se těžiště válečných událostí přesunulo do Porýní. Fridrich Falcký v této fázi přišel nejenom o českou královskou korunu, ale i o své rodové území ve Falci a funkci kurfiřta (volitele římského krále), která byla přenesena na vévodu Maxmiliána Bavorského. Léta 1623–1625 znamenala pro středoevropský prostor klid zbraní.

1625–1629: dánská válka.Další fáze třicetileté války byla zahájena vojenským vystoupením tzv. Haagské koalice (Anglie, Nizozemí, Dánsko a severoněmecké státy) proti Habsburkům. Vojska protihabsburské koalice byla vedena dánským králem Kristiánem IV., jejichž postup přes Moravu a Slezsko až do Uher zastavila defenziva habsburské armády, kterou financoval a vedl Albrecht z Valdštejna. Ten si dokázal podrobit i některé země v Pobaltí (Meklenbursko, Pomořany, část Dánska) a v roce 1629 donutil dánského krále k podpisu tzv. lübeckého míru, jenž ukončil tuto část válečného konfliktu. V roce 1629 vydal Ferdinand II. tzv. restituční edikt, který rušil sekularizaci katolických držav v Německu před uzavřením augsburského míru v roce 1555.

1630–1635: švédská válka. Po odvolání příliš ambiciózního Valdštejna z čela katolické armády, které na nátlak Maxmiliána Bavorského provedl císař Ferdinand II., se do čela protihabsburského tábora postavil švédský král Gustav II. Adolf, kterého podporovala i katolická Francie. Po porážce císařského generála Tillyho v bitvě u Breitenfeldu v září 1631 vtrhla spojená švédská a saská armáda do Bavorska a do Čech, kde obsadila i Prahu. Do hry opět vstupuje jako velitel císařských vojsk Valdštejn, který Prahu v květnu 1632 dobyl zpět. V bitvě u Lützenu v listopadu 1632 padl i švédský král Gustav Adolf. Valdštejn následně operoval ve Slezsku a v Čechách, ale na sklonku roku 1633 byl opět zbaven velení a v únoru 1634 byl v Chebu zavražděn. Po porážce švédských vojsk v bitvě u Nördlingenu v září 1634 byl uzavřen mezi císařem a saským kurfiřtem tzv. pražský mír (květen 1635), jímž byly Sasku předány Horní a Dolní Lužice, původně součást zemí Koruny české.

1635–1648: švédsko-francouzská válka. Protihabsbursky zaměřená Francie, již dlouho podporující protestantská vojska finančně, se spojila se Švédskem a nizozemskými provinciemi k bojům proti španělským i rakouským Habsburkům. Boje v roce 1642 zasáhly i Slezsko a Moravu, jejíž část byla švédskými vojsky pod vedením Lennarta Torstenssona obsazena po celý zbytek války, až do roku 1650.

Vestfálský mír uzavřený po dlouhém jednání v městech Osnabrück a Münster v říjnu 1648 znamenal nejen ukončení bojů, ale také posílení tendencí k absolutismu a definitivní potvrzení náboženského rozdělení Evropy.

„Spatříš mnohdy na opuštěném místě trčeti bránu, sloup, ohromné trosky veliké budovy. To je vše, co zbývá ze zámku, který se tu vypínal. Jinde strmí osamělá věž, jediný to zbytek vesnice či tvrze, jež pohltily plameny. Nebylo by možná uvést města, ba ani hradu, který by nebyl vypálen.“ Tak o stavu země mluví pár let po skončení války jezuitský intelektuál Bohuslav Balbín. Německo i české země přišly zhruba o třetinu obyvatelstva, populační rozvoj se zastavil vinou válečných událostí, hladomoru i epidemií moru, tyfu, syfilidy nebo úplavice. Šlo o jeden z největších válečných konfliktů v evropských dějinách.

TOMÁŠ PARMA, historik