Učinil tak poté, co deník Le Point zveřejnil kritiku jeho řízení arcidiecéze a obvinil jej, že udržoval poměr se ženou. Letos arcibiskup Aupetit mj. uzavřel pastorační centrum umělců a liberálních věřících Saint-Merri či odvolal kvůli sexuálním kauzám ředitele tradicionalistické školy Saint-Jean-de-Passy. Bývá kritizován i za tvrdost vůči kněžím, v posledním roce pak rezignovali hned dva generální vikáři. Deníku La Croix arcibiskup potvrdil, že si byl v roce 2012 (kdy byl v Paříži generálním vikářem) blízký s dospělou ženou a že jeho „chování vůči ní mohlo být nejednoznačné“, avšak milostný vztah s ní rozhodně odmítl. Svůj současný krok konzultoval s vatikánskými autoritami. „Není to kvůli tomu, co jsem prý udělal v minulosti – to bych už dávno odešel, ale abych se vyhnul v diecézi rozdělení, pokud jsem snad jeho příčinou,“ vysvětlil Aupetit a dodal: „Jako biskup musím sloužit jednotě.“