Varhany objevili v bazilice v roce 1906 archeologové a nyní jsou uloženy v Muzeu Svaté země v Jeruzalémě. Do Betléma je zřejmě přivezli francouzští křižáci a používaly se zde několik desítek let. Po muslimském vpádu na konci 12. století byly spolu se zvony a dalším vybavením kostela ukryty – podle všeho zakopány v ochranné dřevěné bedně.

Podle španělského hudebního historika Davida Catalunyi, který vede výzkum a obnovu betlémských varhan, je 251 píšťal nástroje „neuvěřitelně zachovalých“. Druhé nejstarší známé varhany (v bazilice Valere v Sionu ve Švýcarsku) se dochovaly až z 15. století. Západní církev nicméně podle pramenů využívala varhany v liturgii už v 10. století. Catalunyův projekt se tak chce díky betlémskému nálezu pokusit o propojení těchto dvou období.

„Chceme zrekonstruovat i tehdejší výrobní postupy, abychom mohli vyrobit píšťaly stejným způsobem jako ve středověku, a tak celé varhany zrekonstruovat a opět slyšet jejich zvuk,“ slíbil Catalunya. Nástroj by měl být znovu postaven do pěti let a poté opět vystaven v jeruzalémském Muzeu Svaté země.