Narodil se 7. dubna 1506 na hradě Javier, jeho otec zastával významné funkce v navarrském království, dnešním Španělsku. Jelikož byl František nejmladším ze šesti sourozenců, byl předurčen k duchovní dráze. Jeho rodina doufala, že až se stane váženým knězem, zajistí jí vhodné finanční příjmy plynoucí z církevních zdrojů. V roce 1525 odešel studovat na univerzitu v Paříži. Zásadní změnu v přístupu ke kněžství ve Františkovi způsobil vliv Ignáce z Loyoly, se kterým sdílel studentský byt. Stal se jeho přítelem a duchovním učitelem. Jejich přátelství změnilo Xavera z namyšleného šlechtického synka na dobrodruha pro Krista. Oba také stojí na počátku společenství, které bylo později schváleno jako jezuitský řád.

V roce 1540 byl František jako první jezuita vyslán na žádost portugalského krále do Indie. Nejprve byl nadšen z katolického charakteru přístavního města Goa, které bylo centrem portugalské kolonie. Založil tam jezuitskou kolej a stal se jejím představeným. Zároveň ale vystupoval z obvyklých koloniálních a církevních struktur. Od začátku se věnoval chudým, staral se o nemocné ve špitálech, o vězně a otroky, o malomocné za městem. Dva roky prožil na mysu Komorin ve vesnicích lovců perel, které Portugalci sice pokřtili, ale o Kristu se od nich nic nedověděli. Snažil se je učit základy křesťanství a pomáhat jim v jejich bídě.

Neúspěchy pro Františka znamenaly pobídku zkusit štěstí jinde. Vydal se dál na východ do portugalských držav v dnešní Malajsii, a pak i za jejich hranice – až do Japonska, kam připlul v roce 1549. František byl nadšený z vysoké kulturní úrovně této země, považoval ji za velmi vstřícné prostředí pro přijetí křesťanství. Ke svému překvapení však nezískával tisíce nových křesťanů, jen desítky, maximálně stovky – a za dva roky pokřtil celkem dva tisíce Japonců. Během té doby si uvědomil, že se musí naučit chápat japonskou kulturu a přizpůsobit se jí. Jako první misionář se proto rozhodl odložit evropský řeholní oděv a oblékl se po japonsku. Zemřel 2. prosince 1552 na ostrově San Čoan, když čekal na loď, která ho měla dopravit do Číny.

Když František Xaverský působil v Indii, stačilo, že vyučoval chudé a prosté domorodce jednoduchým základům křesťanství. Tehdy bylo jasné, kdo je učitelem a kdo jsou jeho žáci. V Japonsku ale František zažil, že se on sám musí nejprve mnoho naučit o tamní kultuře, aby do ní mohl vnášet Kristovo poselství. A také pochopil, že opravdový úspěch hlásání Krista se neměří počtem pokřtěných, ale kvalitou obrácení těch, s nimiž se setkává jako rovný s rovnými.