Kritika lidí míří hlavně ke zpovědnímu tajemství, které smlouva rozšiřuje v obdobné míře pro pastorační pracovníky. „Tato redukce smlouvy na jedinou otázku však zastiňuje její klíčový rozměr, kterým je zaměření na člověka a jeho náboženská práva a svobody. Smlouvu nezamýšlí ani jedna ze stran jako záruku specifického postavení katolické církve, ale jako nástroj, kterým se Česká republika a Svatý stolec hlásí k určité úrovni ochrany náboženských práv, a to zejména těch, kteří se nacházejí v limitujících životních situacích (hospitalizace ve zdravotnických zařízeních, umístění v zařízeních…